第一層:院長
第二層:行政副院長、醫療副院長
第三層:秘書
第四層:行政部門、醫療部門、醫事部門、護理之家
*行政部門:企劃室、總務室、病歷室、住院室、人事室、會計室、社工室、資訊室、職安室、政風室
*醫療部門:內科部、外科部、社醫部、獨立醫療科
-內科部:一般內科、心臟內科、胸腔內科、消化內科、腎臟內科、感染科、神經內科、血液腫瘤、新陳代謝
-外科部:一般外科、消化外科、整形外科、胸腔外科、神經外科、小兒外科、大直腸科、心血管科
-社區醫療部:家醫科、高年科、職業醫學科
-獨立醫療科:小兒科、婦產科、泌尿科、骨科、皮膚科、眼科、復健科、急診科、放射科、麻醉科、耳鼻喉科、牙科、重症加護科、病理
科
*醫事部門:護理科、藥劑科、檢驗科、營養室
*附屬機構:居家護理所、住宿長照機構
◎委員會:緊急災害風險管控委員會、感染控制委員會、輸血委員會、職業安全衛生委員會、使民服務暨仁愛基金管理委員會、醫療品質暨病人安全委員會、醫學倫理暨教育委員會、藥事管理委員會、獎勵金績效評估委員會、病歷管理委員會、護理業務發展委員會、儀器設備資源、醫療合作暨外包業務管理委員會、管理發展基金委員會、人事甄審暨考績委員會、急重症管理委員會、手術室管理委員會、職工考核委員會、生物安全會、醫療費用核(刪)減案件審查委員會、性騷擾防治委員會、骨、衛材管理委員會、資訊管理委員會、個人資料保護委員會、高雄市立民生醫院附設住宿長照機構、身心障礙兒少保護收置委員會。